1、操作條件及應(yīng)用范圍不同：對(duì)于氣相色譜，是加溫操作。僅能分析在操作溫度下能汽化而不分解的物質(zhì)，對(duì)高沸點(diǎn)化合物、非揮發(fā)性物質(zhì)、熱不穩(wěn)定化合物、離子型化合物及高聚物的分離、分析較為困難，致使其應(yīng)用受到一定程度的限制，據(jù)統(tǒng)計(jì)只有大約20%的機(jī)物能用氣相色譜分析。而液相色譜是常溫操作，不受樣品揮發(fā)度和熱穩(wěn)定性的限制，它非常適合相對(duì)分子量較大，難汽化，不易揮發(fā)或?qū)崦舾械奈镔|(zhì)、離子型化合物和高聚物的分離分析，大約占有機(jī)物的70%~80%。
2、由于液體的擴(kuò)散性比氣體的小，因此，溶質(zhì)在液相中的傳質(zhì)速率慢，柱外效應(yīng)就顯得特別重要；而在氣相色譜中，由色譜柱外區(qū)域引起的擴(kuò)張可以忽略不計(jì)。
3、液相色譜中，制備樣品簡(jiǎn)單，回收樣品也比較容易，而且回收是定量的，適合于大量制備，但液相色譜尚缺乏通用的檢測(cè)器，一起比較復(fù)雜，價(jià)格昂貴。在實(shí)際應(yīng)用中，這兩種技術(shù)是相互補(bǔ)充的。
4、液相色譜能完成難度較高的分離工作
1）氣相色譜的流動(dòng)相載氣是色譜惰性的，基本不參與分配平衡過(guò)程，與樣品分子無(wú)親和作用，樣品分子主要與固定相相互作用。而在液相色譜中流動(dòng)相液體也與固定相爭(zhēng)奪樣品分子，為提高選擇性增加了一個(gè)因素。也可選擇不同比例的兩種或兩種以上的液體做流動(dòng)相，增加分離的選擇性。
2）液相色譜固定相類型多，如離子交換色譜和排阻色譜等，作為分析時(shí)，選擇余地大；而氣相色譜并不可能。
3）液相色譜通常在室溫下操作，較低的溫度，一般有利于色譜分離條件的選擇。
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高效液相色譜儀分析中進(jìn)樣基線很好，保留時(shí)間能鎖定，壓力也穩(wěn)定，但是峰面積差別很大，大概有2倍的差別，這種情況出現(xiàn)的原因可能是多方面的，建議采用以下方法解決：
1、調(diào)換一根新色譜柱，如果情況一樣，則排除柱子的原因。
2、將在線過(guò)濾器拆下，用超聲波清洗，如果結(jié)果一樣，說(shuō)明與在線過(guò)濾器無(wú)關(guān)。
3、考慮是不是進(jìn)樣閥有問(wèn)題或者定量環(huán)堵。建議多進(jìn)幾針樣品，看是否有規(guī)律，如果沒(méi)有規(guī)律，應(yīng)檢查一下進(jìn)樣器的其他部位，如果是進(jìn)樣器系統(tǒng)出現(xiàn)問(wèn)題，應(yīng)盡快解決之。
4、對(duì)進(jìn)樣器清洗一下，清洗干凈后先進(jìn)一針空白，再進(jìn)樣，看看結(jié)果如何，如果有明顯減少，那可能是進(jìn)樣器污染，有樣品殘留在進(jìn)樣閥體內(nèi)，在切換的過(guò)程中被流動(dòng)相帶入色譜柱。
5、考慮樣品溶液是否均勻。建議同一個(gè)濃度連續(xù)進(jìn)樣5次，看一下結(jié)果如何變化，有沒(méi)有規(guī)律；如果是樣品溶液不均勻，可以再攪拌一下。
6、考慮光源是不是正常。
7、考慮濃度是否在線性范圍內(nèi)。有時(shí)候定量時(shí)濃度太高或太低都會(huì)產(chǎn)生較大的分析誤差。
8、考慮取樣方式是否正確，每次取樣后是否對(duì)針頭外面的附著液進(jìn)行清除。
9、高效液相色譜儀的計(jì)算機(jī)軟件編制可能存在問(wèn)題。對(duì)比可以適當(dāng)改變軟件。
高效液相色譜儀分析中，選擇流動(dòng)相時(shí)應(yīng)考慮流動(dòng)相與填料的作用、純度、與檢測(cè)器的匹配、粘度、對(duì)樣品的溶解度和樣品回收等方面。
1、流動(dòng)相與填料的作用：
流動(dòng)相應(yīng)不改變填料的任何性質(zhì)。
低交聯(lián)度的離子交換樹(shù)脂和排阻色譜填料有時(shí)遇到某些有機(jī)相會(huì)溶脹或收縮，從而改變色譜柱填床的性質(zhì)。
堿性流動(dòng)相不能用于硅膠柱系統(tǒng)。
酸性流動(dòng)相不能用于氧化鋁和氧化鎂等吸附劑的柱系統(tǒng)。
2、純度：
色譜柱的壽命與大量流動(dòng)相通過(guò)有關(guān)，特別是當(dāng)溶劑所含雜質(zhì)在柱上積累時(shí)。
3、與檢測(cè)器的匹配：
當(dāng)使用UVD時(shí)，所用流動(dòng)相在檢測(cè)波長(zhǎng)下應(yīng)沒(méi)有吸收或吸收很小。
當(dāng)使用RID時(shí)，應(yīng)選擇折光系數(shù)與樣品差別較大的溶劑作流動(dòng)相，以提高靈敏度。
4、粘度：
高粘度溶劑會(huì)影響溶質(zhì)的擴(kuò)散和傳質(zhì)，使柱效降低，還會(huì)使柱壓增加，分離時(shí)間延長(zhǎng)。盡量選擇沸點(diǎn)在100℃以下的流動(dòng)相。
5、對(duì)樣品的溶解度：如果溶解度欠佳，樣品會(huì)在色譜柱內(nèi)沉淀，不但影響純化分離，而且會(huì)使色譜柱惡化。
6、樣品回收：應(yīng)選用揮發(fā)性溶劑。
高效液相色譜儀分析選擇流動(dòng)相時(shí)應(yīng)注意的問(wèn)題：
1.盡量使用高純度溶劑作流動(dòng)相，防止微量雜質(zhì)長(zhǎng)期累積損壞色譜柱和使檢測(cè)器噪聲增加。不純的溶劑會(huì)引起基線不穩(wěn)，產(chǎn)生偽峰。
2.避免流動(dòng)相與固定相發(fā)生作用而使柱效下降和損壞色譜柱，如使固定液溶解流失和酸性溶劑破壞氧化鋁固定相等。
3.樣品在流動(dòng)相中應(yīng)有適宜的溶解度，防止產(chǎn)生沉淀并在柱中沉積。
4.流動(dòng)相粘度低（粘度適中）。若使用高粘度溶劑，會(huì)增高壓力，不利于分離。常用低粘度溶劑有丙酮、甲醇和乙腈等。但粘度過(guò)低的溶劑也不宜采用，如戊烷等，它們?nèi)菀自谏V柱和檢測(cè)器內(nèi)形成氣泡，影響分離。
5.化學(xué)穩(wěn)定性好。
6.流動(dòng)相應(yīng)滿足檢測(cè)器的要求。
對(duì)于紫外吸收檢測(cè)器，應(yīng)注意選用檢測(cè)器波長(zhǎng)比溶劑的紫外截止波長(zhǎng)長(zhǎng)。所謂溶劑的紫外截止波長(zhǎng)是指當(dāng)小于截止波長(zhǎng)的輻射通過(guò)溶劑時(shí)，溶劑對(duì)此輻射產(chǎn)生強(qiáng)烈吸收，此時(shí)溶劑被看作是光學(xué)不透明的，會(huì)嚴(yán)重干擾組分的吸收測(cè)量。
對(duì)于示差折光檢測(cè)器，要求選擇與組分折光率有較大差別的溶劑作流動(dòng)相，以達(dá)到zui高靈敏度。
液相色譜儀，看你分離的樣品的種類，看流動(dòng)相是否和樣品互溶，分離程度，一般加水多少，甲醇，乙腈很多種，看樣品的沸點(diǎn)，溶解性。
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